Lendület Génsebészeti Módszertan Kutatócsoport

Kutatás

A csoport alapvetően két egymástól elkülöníthető általános területen fog kutatni: (1) bakteriális és bakteriofág genomszerkesztési eljárások fejlesztése és alkalmazásai, (2) human sejtvonalak genomszerkesztési eljárások fejlesztése és alkalmazásai. Az első pontba a következő területek tartoznak bele:

 1. Bakteriális és bakteriofág kutatások

 a.) CRISPR-Cas3 és egyéb genommérnöki eszközök általi profág, illetve prediktált bakteriális immunitási szigetek célzott deléciója. Deléciós törzsek fenotípusos karakterizálása, in vitro és in vivo virulencia analízissel, illetve fág szenzitivitási kísérletekkel. Potenciális virulenciáért, illetve immunitásért gének további karakterizálása genetikai és biokémiai módszerekkel. Kulcs organizmusok: Acinetobacter baumanii, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa.

 b.) Bacteroides fajokban alkalmazható rekombinázok segítségével történő genommódosító eljárások fejlesztése. Bacteroides fajokra specifikus bakteriofágok rekombináz enzimeinek vizsgálata genommódosító eljárásokban. Rekombináz enzimek használata Bacteroides fajok, illetve Bacteroides fajokat fertőző CrAss-fágok módosítására.

 c.) Genotoxint termelő különböző bélbaktériumokban történő nagy léptékű genomi deléciós könyvtárak elkészítése a genotoxin termelésért felelő útvonalak feltérképezésére. Újszerű terápiás megközelítések vizsgálata genotoxint termelő baktériumok ellen, nagy méretű kémiai könyvtárak segítségével. Kulcs fajok: Morganella morganii, Klebsiella oxytoca, Clostridium difficile.

 d.) Genommérnöki eljárások fejlesztése extremofil baktériumok célzott módosítására. Kulcs fajok: Psychrobacter arcticus, Psychrobacter urativorans.

2. Humán sejtvonalakra vonatkozó kutatások

 a.) CRISPR-Cas3 genommódosító eljárás fejlesztése modell humán sejtvonalakra (HEK293T, HeLa, Caco2, Raji). Különböző CRISPR-Cas3 rendszerek összehasonlítása izogenikus kísérleti rendszer keretei között. Cas3 rendszer célzott módosítása eltérő genommódosító tulajdonságok eléréséhez. Humán sejtekben előforduló vírus (HPV) szekvenciák célzása potenciális terápiás eljárás végett.

 b.) Bakteriális inváziós kísérleti rendszer kiépítése és nagyléptékű felhasználása genotoxikus baktériumok célzott terépiás eljárások fejlesztésére. Nagyléptékű mikroszkópia felhasználása HeLa sejtek inváziójának vizsgálatára.

 c.) Genotoxint termelő baktériumok hatása humán makrofág sejtekre. Humán T-sejtek specifikus módosítása CRISPR-Cas rendszerekkel, különböző génszabályozó genomi régiók vizsgálatára.