DNS-Fehérje Kölcsönhatások

Kutatás

Kutatásaink két területre irányulnak:

1) Az irányított DNS metiláció módszerének fejlesztése

Az irányított DNS metiláció egy módszer, amelynek célja a genom meghatározott helyeinek szelektív metilálása. Bár elvben alkalmas lehetne annak vizsgálatára, hogy a DNS metilációnak milyen szerepe van egyes gének szabályozásában, a módszer jelenlegi változatai nem elég specifikusak, azaz nem csak a célzott helyek metilálódnak. Két CG specifikus bakteriális DNS metiltranszferázt (M.MpeI és M.SssI) felhasználva E. coli baktériumban és in vitro azt vizsgáljuk, hogy a háttérmetiláció mértéke mitől függ, és megpróbálunk olyan módszert kidolgozni, amelynek segítségével nagyobb specifitás érhető el. Egy ezzel összefüggő projekben megkíséreljük az M.MpeI és/vagy az M.SssI specifitását CG-ről CA-ra és/vagy CC-re változtatni. A megváltozott specifitású enzimek értékes eszközei lehetnek a nem-CG specifikus DNS metiláció vizsgálatának eukariotákban.

2) Egy egyszerű módszer szekvenciaspecifikus DNS-fehérje kölcsönhatások vizsgálatára E. coliban

Kidolgoztunk egy egyszerű módszert (I-Block), amely alkalmas szekvenciaspecifikus DNS-fehérje kötés kimutatására E. coli sejtekben. A módszer azt méri, hogy a vizsgált fehérje mennyire gátolja az RNS-polimeráznak egy olyan lacI  promoterhez való kötődését, amely átfed a vizsgált fehérje  kötőhelyével. A targethelyéhez kötődő fehérje gátolja a lacI gén transzkripcióját, ami a β-galaktozidáz aktivitás növekedését eredményezi. Az I-Block módszer jelenlegi formájában annak vizsgálatára alkalmas, hogy egy fehérje tud-e kötődni egy adott DNS szekvenciához E. coliban. A célunk a módszernek olyan irányú fejlesztése, amelynek révén alkalmassá válik arra, hogy meghatározzuk szekvenciaspecifikus DNS-kötő fehérjék targetszekvenciáját.

További információ: http://sysbiol.brc.hu/kiss-antal-lab-index.html