NAGY István

Tudományos főmunkatárs

 

Eszközparkunk:

  • 2 2 db 8 kapillárisos, 3500-as szériájú Genetic Analyzer (Life Technologies)
  • 1 db SOLiD 4 (Life Technologies)
  • 1 db SOLiD 5500xl (Life Technologies)
  • 1 egység EZ Bead System, amely egy automata minta-előkészítő rendszer
  • egyedi szekvenciaanalizáló szoftverekkel felszerelt bioinformatikai egység

Kapilláris elektroforézis

DNS szekvenálás és fragment analízis
2012. április 1-e óta a Life Technologies legújabb, 3500-as sorozatú műszereit működtetjük.

Önök küldik:

  • a DNS mintát (tisztaság OD260/280 alapján: 1.8-2.0 )
  • tisztított PCR fragment: ≥20 μL, 50 ng/ μL
  • plazmid: ≥20 μL, 100 ng/ μL

Mi kivitelezzük:

  • a szekvenáló reakciót ABI BigDye® Terminator v3.1 kittel hozott vagy univerzális primerekkel
  • a be nem épült nukleotidok eltávolítását
  • a termékek analízisét 3500 Series Genome Analyzer segítségével.

Garantáljuk >500 bázisnyi minőségi leolvasást (normál plazmid) 3 munkanapon belül

Újgenerációs szekvenálás (Next Generation Sequencing; NGS)

Alkalmazási területek
Az ultra-magas áteresztőképességüknek köszönhetően az újgenerációs szekvenálók széleskörű analízisre használhatók:

  • de novo szekvenálás (ismeretlen genomú faj szekvenálása, majd nukleotidsorrendjének (genomjának) meghatározása),
  • újraszekvenálás (ismert referenciagenomú fajok szekvenálása, pl. baktériumok filogenetikai rendszerezése, szekvenciavariációk és SNP-k azonosítása),
  • összehasonlító-, meta-, populációgenomika
  • gén-kifejeződés (RNA-Seq; Digital Gene Expression Profiling, DGEP),
  • haplotípus meghatározás,
  • mikroRNS-kifejeződés, -azonosítás,
  • kromatin immunprecipitációt követő szekvenálás (ChIP-Seq; transzkripciós faktorok kötőhelyeinek azonosítása; aktív vagy passzív kromatin feltérképezése),
  • DNS metilációs analízis (Meth-Seq).

Önök küldik:

  • tisztított DNS (reszekvenáláshoz >10 μg, de novo szekvenáláshoz >50 μg; cc > 400 ng/ml)
  • tisztított totál RNS (>5 μg; cc > 400 ng/ml; RIN > 8.0)

We perform:

  • a beérkezett minták mennyiségi és minőségi szűrése (mérések Qubit, Bioanalyzer készülékeken)
  • szekvenáló templát-könyvtárak elkészítése
  • emulziós PCR
  • NGS szekvenálás
  • a szekvencia-adatháztartás bioinformatikai kiértékelése (opcionális)

Portfólió (PDF) >>
Rendelési űrlap (MS Excel) >>