Kutatás - Központi Laboratóriumok - Bioinformatikai Csoport

HEGEDŰS Zoltán
tudományos főmunkatárs

picture
GYÖRGYPÁL Zoltán tudományos munkatárs

A modern biológiát az óriási adatmennyiségek jellemzik. Egyes kísérletekben, például gyógyszermolekulák tesztelésénél, baktériumok vagy növényfajok jellemzésekor olyan hatalmas adatmennyiség keletkezik, hogy a nehézséget egyre inkább az adatok értelmezése jelenti. Csoportunk új, általánosítható tudásábrázolási módszereket kutat, amelyekkel az adatok jobban érthetővé válnak, mind a kutatás, mind az innováció számára.

Genom-informatika

A csoportnak komoly tapasztalatai vannak a nagy kapacitású kísérleti technológiákat alkalmazó modern genomikai vizsgálatok során keletkező a hatalmas mennyiségű kísérletes adat rendszerezett tárolásának megszervezésében és bioinformatikai kiértékelésében. Elsődleges érdeklődési területünk a sejtek génexpressziós profilját, nagykapacitású új generációs szekvenálási módszerek alkalmazásával meghatározó kísérleti elrendezések használatakor keletkező hatalmas adattömeg feldolgozása. Aktív részesei vagyunk egy csoportközi tudományos együttműködéseken alapuló RNA-seq és SAGE-seq módszereket alkalmazó kutatási programoknak, melyek elsődleges célja a különböző patológiás korképekhez rendelhető molekuláris markerek felfedezése. A csoportunk részvételével elindult egy olyan kutatási projekt melyben hipertrófiás kardiomiopátiaban, és hosszú QT szindrómában szenvedő betegek DNS-ét új generációs szekvenálás módszerével vizsgáljuk potenciális kóroki mutációk jelenléte szempontjából. A fentieken kívül az elmúlt időszakban csoportunk bekapcsolódott az egyik leggyakoribb örökletes betegség, a cisztás fibrózis kóroki mutációinak kimutatására létrehozandó új generációs szekvenálási módszeren alapuló diagnosztikai platform kidolgozását célzó kutatási folyamatba is.


Géncsaládok funkcionális annotációja

Napjainkban a nagykapacitású molekuláris biológiai kísérleti technikák egyre általánosabbá váló alkalmazása hatalmas mennyiségű feldolgozatlan adat felhalmozódásához vezetett a különféle biológiai adatbázisokban. A csoport hosszabb ideje foglalkozik olyan metódusok, bioinformatikai adatfeldolgozási és adatbányászati munkafolyamatok kifejlesztésével, melyek alkalmasak a különböző géncsaládok szisztematikus bioinformatikai jellemzésére. Az új adatfeldolgozási sémák felhasználásával az elmúlt időszakban értékes új információkat sikerült kinyerni a gyulladásos folyamatokban fontos szerepet játszó Tribbles molekula család evolúciójával és molekuláris működésével kapcsolatban.


Általános bioinformatikai szolgáltatások

Csoportunk alakította ki, tartja fenn, és fejleszti folyamatosan a több száz oldalas BRC BioNet intranetes portált, amely a szerteágazó szakmai szolgáltatásaival a Szegedi Biológiai Központban dolgozó kutatóknak számára egy, a labormunkát kiegészítő elengedhetetlen informatikai munkakörnyezetet termet. A portál a biológiai jellegű K + F tevékenység során nélkülözhetetlen szakmai információk és szolgáltatások gyűjteménye. Az alábbiakban a teljesség igénye nélkül felsorolunk néhányat a BRC BioNet szakmai szolgáltatásai közül:

az intézet által előfizetett on-line tudományos folyóiratok elérése
automatizált kulcsszavas irodalomfigyelő szolgáltatás
belső intézeti citációs adatbázis
helyi telepítésű biológiai adatbázisok
helyi HTML felszínen elérhető bioinformatikai szoftverek gyűjteménye
több ezer a biológiai K + F tevékenység számára hasznos internetes link gyűjteménye
több száz a biológiai K + F tevékenységgel kapcsolatos szakmai információkat tartalmazó HTML dokumentum gyűjteménye.

Válogatott közlemények

Salazar M, Lorente M, Garcia-Taboada E, Perez Gomez E, Davila D, Zuniga-Garcia P, Maria Flores J, Rodriguez A, Hegedus Z, Mosen-Ansorena D, Aransay A M, Hernandez-Tiedra S, Lopez-Valero I, Quintanilla M, Sanchez C, Iovanna J L, Dusetti N, Guzman M, Francis S E, Carracedo A, Kiss-Toth E, Velasco G The TRIB3 supresses tumorigenesis by controling the mTORC2/AKT/FOXO signaling. Molecular & Cellular Oncology (2014) Accepted for publication

Salazar M, Lorente M, Garcia-Taboada E, Perez Gomez E, Davila D, Zuniga-Garcia P, Maria Flores J, Rodriguez A, Hegedus Z, Mosen-Ansorena D, Aransay A M, Hernandez-Tiedra S, Lopez-Valero I, Quintanilla M, Sanchez C, Iovanna J L, Dusetti N, Guzman M, Francis S E, Carracedo A, Kiss-Toth E, Velasco G Loss of Tribbles pseudokinase-3 promotes Akt-driven tumorigenesis via FOXO inactivation. Cell Death Differ. (2014) doi: 10.1038/cdd.2014.133

Attila Farkas, Gergely Maróti, Hajnalka Dürgo, Zoltán Györgypál, Rui M. Lima, Katalin F. Medzihradszky, Attila Kereszt, Peter Mergaert, and Éva Kondorosi Medicago truncatula symbiotic peptide NCR247 contributes to bacteroid differentiation through multiple mechanisms (2014) Proc Natl. Acad. Sci. 111(14) 5183-5188

Filkor K, Hegedűs Z, Szász A, Tubak V, Kemény L, Kondorosi E, Nagy I (2013) Genome Wide Transcriptome Analysis of Dendritic Cells Identifies Genes with Altered Expression in Psoriasis, PLoS ONE 8(9): e73435. doi:10.1371/journal.pone.0073435

Kiss B, Szlanka T, Zvara A, Žurovec M, Sery M, Kakaš S, Ramasz B, Hegedűs Z, Lukacsovich T, Puskás L, Fónagy A, Kiss I (2013) Selective elimination/RNAi silencing of FMRF-related peptides and their receptors decreases the locomotor activity in Drosophila melanogaster, General and Comparative Endocrinology, Vol 191, 137–145

Ordas A, Hegedus Z, Henkel CV, Stockhammer OW, Butler D, Jansen HJ, Racz P, Mink M, Spaink HP, Meijer AH (2010) Deep sequencing of the innate immune transcriptomic response of zebrafish embryos to Salmonella infection Fish & Shellfish Immunology, doi:10.1016/j.fsi.2010.08.022

Hegedus Z, Zakrzewska A, Agoston VC, Ordas A, Racz P, Mink M, Spaink HP, Meijer AH (2009) Deep sequencing of the zebrafish transcriptome response to mycobacterium infection Molecular Immunology, Vol. 46, 2918–2930

Stockhammer, O., Zakrewska, A., Hegedus, Z., Spaink, H. and Meijer A. (2009). Time resolved transcriptome profiling and functional analyses of the zebrafish embryonic host response to Salmonella infection. The Journal of Immunology, 182(9): 5641-5653.

Hegedus, Z., Czibula, A. and Kiss-Toth, E. (2007). Tribbles: a family of kinase-like proteins with potent signalling regulatory function. Cellular Signalling 19(2): 238-250.

Hegedus, Z., Czibula, A. and Kiss-Toth, E. (2006). Tribbles: novel regulators of cell function; evolutionary aspects Cell. Mol.Life Sci. 63(14): 1632-1641.

Vlahovicek, K., Kajan, L., Murvai, J., Hegedus, Z. and Pongor, S. (2003). The SBASE domain sequence library, release 10: domain architecture prediction. Nucleic Acids Research 31(1): 403-405.

Kurucz, E., Zettervall, C.J., Sinka, R., Vilmos, P., Pivarcsi, A., Ekengren, S., Hegedus, Z., Ando, I. and Hultmark, D. (2003). Hemese, a hemocyte-specific transmembrane protein, affects the cellular immune response in Drosophila. Proc. Natl. Acad. Sci. 100(5): 2622-2627.